これもよくあるご質問です。答えは至ってシンプルです。 有給で消化した休業日は、交通事故による損害として休業損害日になります。つまり、損害賠償上、有給の買上げの形となります。 今年からの働き方改革でも、有給は法的義務にまでなっています。有給休暇は労働者に付与されたリフレッシュの為の休暇であって、病気ならまだしも、誰かの加害行為のせいで消化するものではありません。被害者の希望で通院日を普通の休業日とするか有給休暇とするか、休業損害証明書の記載にて選択できます。これでご質問は解決です。
次いで、会社の事務方に休業損害証明の記載をお願いすることになります。ここからが本題かもしれません。休業損害証明書は自賠責の様式を使えばOK、任意保険会社へ対する請求はもちろん、裁判での証拠にも使えます。ただし、慣れていない事務担当者にとってこの書類は少々不親切で、有給休暇の扱いを含め、書き方についてご質問いただく事がしばしばでした。ところが、以前から入手していました某任意社の様式は大変に親切です。以下、2枚を比べて下さい。
この書式では、事務方が記載に迷うであろうお休みの種別について、単に○（有給休暇）と、×（会社所定の休日）しか書き込めません。
その点、下の書類は休みの種別が細かく記号化、表に書き込めます。
